直接の答え

個人が株式を譲渡した所得には、原則20.315％（所得税15％＋復興0.315％＋住民税5％）が課税されます。譲渡価格から取得費・譲渡費用を引いた「譲渡所得」が課税対象です。

「3億円で会社が売れたら、手元にいくら残るのか」——オーナーにとって最大の関心事の一つです。ここでは、個人が保有する非上場株式を譲渡した場合を前提に、税率の仕組みと具体的な計算過程を、設例を使って一段ずつ追っていきます。数字はあくまで仕組みを理解するための概算であり、実額を保証するものではありません。

株式譲渡にかかる税率 20.315％の内訳

個人が非上場株式を譲渡して得た利益（譲渡所得）には、給与などとは分けて計算する申告分離課税が適用され、税率は合計20.315％が原則です。内訳は次のとおりです。

税目税率補足
所得税15％申告分離課税
復興特別所得税0.315％所得税額の2.1％（15％×2.1％＝0.315％）
住民税5％—
合計20.315％譲渡所得に対して課税

ポイントは、税率が譲渡価格そのものではなく「譲渡所得」に対してかかることです。譲渡所得は次の式で求めます。

譲渡所得 ＝ 譲渡価格 − 取得費 − 譲渡費用
税額 ＝ 譲渡所得 × 20.315％

取得費は、その株式を取得するのにかかった金額（設立時の出資額や過去の株式取得額など）です。譲渡費用は、売却のために直接支出した仲介手数料などが該当します。

設例：譲渡価格3億円・取得費1,000万円の手取り試算

実際に数字を入れて計算してみます。譲渡費用は考慮しない単純化した設例です。

※譲渡費用ゼロ・取得費1,000万円と仮定した単純化した設例。実際は譲渡費用や個別事情で結果が変わります。
項目金額計算
譲渡価格300,000,000円売却額（設例）
取得費△10,000,000円出資額等（設例）
譲渡所得290,000,000円3億円 − 1,000万円
税額（20.315％）△58,913,500円2億9,000万円 × 20.315％
税引後の手取り（目安）241,086,500円3億円 − 税額

この設例では、3億円の売却に対して税額は約5,891万円、税引後の手取りは約2億4,109万円が目安になります。実務では、ここからさらに仲介手数料などの譲渡費用が差し引かれます（譲渡費用は譲渡所得の計算上控除できるため、税額も連動して変わります）。

補足ここで扱っているのは「個人が株式を売る」ケースです。売り手が法人の場合や、事業譲渡の場合は課税の仕組みが異なります。また、取得費が不明な場合の概算取得費（譲渡価格の5％）など、実務上の論点は多数あります。

役員退職金を併用するという考え方

オーナー経営者のM&Aでは、譲渡対価の一部を役員退職金として受け取る設計が検討されることがあります。退職所得は税制上、次の2つの理由で負担が軽くなりやすい所得区分だからです。

退職所得が優遇される2つの理由

退職所得 ＝ （退職金 − 退職所得控除額）× 1/2　※原則

この仕組みにより、株式譲渡（20.315％）だけで受け取るよりも、一部を退職金で受け取るほうが全体の税負担が軽くなる場合があります。ただし、これはあくまで「場合がある」という一般論です。

重要な留意点役員退職金の併用には、①退職金の適正額（不相当に高額でないか＝過大役員退職給与の否認リスク）、②会社側での損金算入の可否、③勤続年数や役員としての在任実態、④短期間で役員を退任する場合の特例など、多くの要件と論点があります。とくに役員等勤続年数が5年以下の役員が受け取る退職手当（特定役員退職手当等）は、退職所得控除後の全額が課税対象となり、上記の1/2計算は適用されません（国税庁タックスアンサーNo.2737・No.1420）。M&Aでオーナーが退職金を受け取り短期で退任する設計は、これに該当し得る点に注意が必要です。個別性が極めて高く、必ず有利になるとは限りません。必ず税理士による個別の検討が必要です。

タックスプランニングは「個別性」がすべて

ここまで見たとおり、株式譲渡の税務は基本の枠組みこそシンプルですが、実際の手取りは取得費の把握、譲渡費用、退職金併用の設計、株主構成、スキーム（株式譲渡か事業譲渡か）などによって大きく変わります。

本コラムでお伝えできるのは一般的な制度説明や設例の提示までで、個別の最適解は一人ひとりの状況を見なければ出せません。個別の税務判断は、提携税理士と連携して確認する体制をとっています。「必ず節税できる」といった断定的な話には注意し、自社の実態に即した個別検討を前提に進めてください。早めに準備するほど、取り得る選択肢は広がります。